ابراهیم رئیسی در طول ریاست بر دستگاه قضایی، بارها درباره مبارزه با فساد واز قانون‌مداری سخن گفته است. اما در این گزارش، نقش او در فسادها ونیز در سازمان بازرسی کشور در دوران ریاستش وهمچنین اقدامات فراقانونی وی در دوران حضور در بدنه دستگاه قضایی پرداخته‌ایم.
به گزارش "ایران واير"، سال‌های ۱۳۶۷ تا ۱۳۷۳ برای ابراهیم رئیسی آغاز جهش از سمت‌های میانی در قوه قضاییه به سمت‌های عالی بوده است. کلید این جهش با حضور او در "هیات مرگ" زده شد. با این حال، موضوع اعدام‌های سال ۱۳۶۷ برای خودش نیز به گونه‌ای غیرقابل دفاع بوده که در سایتش به این موضوع اشاره نشده است.
اگرچه در زندگی‌نامه ابراهیم رئیسی که در سایت شخصی او ودیگر رسانه‌های حکومتی انتشار یافته، از سپرده شدن چندین پرونده مهم به او از سوی "روح‌‌الله خمینی" اشاره شده است اما طی سال‌ها ترجیح داده‌اند که از این مقطع مهم زندگی او با سکوت بگذرند.
در اسنادی که بعدها منتشر شد، نام شخص ابراهیم رئیسی همانند "مرتضی اشراقی"، دادستان انقلاب تهران در آن زمان و"حسینعلی نیری" که هر دو عضو هیات مشهور به هیات مرگ بودند، نیست اما دو جای نامه اشاره به دادستان انقلاب یا دادیار شده است.
این موضوع در رقابت‌های انتخاباتی سال ۱۳۹۶ در سطحی وسیع توسط "حسن روحانی" وهوادارانش علیه رئیسی مورد استناد قرار گرفت واز عباراتی مانند "آیت‌الله قتل‌عام" برای او استفاده شد.
سایه سنگین مسوولیت اعدام‌های ۱۳۶۷ بر سر ابراهیم رئیسی چنان گسترده است که بعضا باعث شده است نقش او در دیگر پرونده‌های مهم همان سال به حاشیه برود.
در اسنادی که از نامه‌های آیت‌الله خمینی در نیمه دوم سال ۱۳۶۷ در دسترس است، حداقل سه "حکم ویژه ومستقیم برای رسیدگی به مشکلات قضایی" در برخی استان‌ها، "مستقل از ساختار قوه قضاییه" برای او صادر شده است.
در سندی دیگر که مربوط به دی ۱۳۶۷ است، تحت عنوان "بدون این‌که محتوای موضوع مشخص باشد"، از نیری ورئیسی خواسته شده بود از آن‌جا که مقامات بالای قضایی کشور هیچگونه حساسیتی در مورد مسایل "تکان دهنده" فوق نداشتند، طبق آن‌چه تشخیص می‌دادند، عمل کنند ومانع از تعطیل اجرای "احکام خدا" شوند.
دوره دادستانی ابراهیم رئیسی، قانون مصوب سال ۱۳۵۸ اجرا می‌شد که بر اساس آن، دادگاه‌های عمومی ودادستانی انقلاب وعمومی تهران یکی از مراجع مهم قضایی بوده که صلاحیت رسیدگی به بسیاری از اتهامات مقامات را داشته است؛ از جمله موضوع پرونده‌ها واتهاماتی که "توطئه از داخل علیه جمهوری" اسلامی نامیده شده وشامل حذف نیروهای رقیب در داخل حکومت بوده است.
سال ۱۳۷۱ نیز رئیسی به عنوان نماینده ویژه قوه قضاییه عازم مشهد شد تا معترضان بازداشت شده در نخستین شورش مهم بعد از فوت آیت‌الله خمینی را به صورت ویژه وخارج از فرآیندهای قضایی محاکمه وتعدادی از بازداشتی‌ها را اعدام کند؛ شورشی که از "کوی طلاب" مشهد وبا تخریب ساخت‌های غیرمجاز در این منطقه آغاز شد واولین شورش گسترده شهری پس از انقلاب ۱۳۵۷ بود.
با برچیده شدن دادسراها در دوره ریاست محمد یزدی بر قوه قضاییه در سال ۱۳۷۳، رئیسی به مدت ۱۰ سال به عنوان رئیس سازمان بازرسی کل کشور منصوب شد. نظارت بر نهادهای دولتی برای جلوگیری از فساد در آن‌ها جزو وظایف سازمان بازرسی است.
دوره ریاست رئیسی بر این سازمان هم‌زمان با پایان دوره ریاست جمهوری "اکبر هاشمی رفسنجانی" بود که اصول‌گرایان از آن به عنوان آغاز فسادهای گسترده در جمهوری اسلامی یاد می‌کنند. اکثر این فسادها توسط وابستگان وافراد نزدیک به مقامات جمهوری اسلامی رخ داده بودند.
از جمله این فسادها، اختلاس مشهور ۱۲۳ میلیارد تومانی در "بانک صادرات" بود که مرتضی رفیق‌دوست، برادر محسن رفیق‌دوست، رییس وقت بنیاد مستضعفان از متهمان آن بود.
یکی از جنجالی‌ترین پرونده‌هایی که رئیسی در زمان ریاست بر این سازمان تشکیل داد، مربوط به عملکرد "غلامحسین کرباسچی"، شهردار وقت تهران بود که منجر به دادگاهی وزندانی شدن وی شد؛ دادگاهی که مقامات دولت خاتمی هدف از آن را فشار به دولت وانتقام از نقش کرباسچی در شکست اصول‌گرایان دانستند.