علی خامنه‌ای، رهبر رژيم جمهوری اسلامی ایران، در سخنرانی ۱۳ آبان، به روشنی از جمهوری آذربایجان در بحران درگیری این کشور با ارمنستان در منطقه قره باغ حمایت کرد وگفت: "همه سرزمین‌های آذربایجان که به‌وسیله ارمنستان تصرف شده، باید آزاد بشود".
گرچه بیش از یک ماه پس از آغاز جنگ اخیر قره باغ، این اولین بار است که خامنه‌ای به‌عنوان تعیین‌کننده اصلی سیاست خارجی جمهوری اسلامی، موضع صریح ایران در این جنگ را مشخص می‌کند.
ودرمورد انگیزه ودلایل خامنه‌ای از حمایت صریح از آذربایجان، آرش گنونى، در مقاله خود كه در سايت "راديو فردا" منتشر شد گفت: "ایران دلایل اقتصادی وفرهنگی وبه ویژه نزدیکی وهمزبانی مردم شمال غربی ایران، به رابطه با آذربایجان نیاز دارد".
وى افزود: "یکی از دلایل سیاسی ودیپلماتیکی که به نظر می‌رسد تهران را به این مسیر جدید کشانده، نزدیکی باکو به اسرائیل ودیگر رقیبان منطقه‌ای ایران از جمله ترکیه، قطر وعربستان سعودی است".
گنونى اشاره كرد كه "ترکیه از همان ابتدا با حمایت آشکار خود از آذربایجان، هم در جهت بلندپروازی‌های منطقه‌ای رجب طیب اردوغان، رئیس‌جمهوری ترکیه، وحفظ منافع خود در آذربایجان عمل کرد وهم نظر مثبت آذری‌ها (وشاید آذری‌های ایران هم) را به خود جلب کرد".
اين نويسنده تصريح كرد كه "بدون شک، ویژگی این دور از درگیری‌های قره باغ، حمایت آشکار ترکیه از آذربایجان بوده است. بنابراین، شاید جمهوری اسلامی ایران در نظر گرفت که اگر او نیز در حمایت از آذربایجان زودتر نجنبد، دست‌کم از ترکیه عقب خواهد افتاد".
به گفته گنونى، "خامنه‌ای از همان روزهای نخست رسیدن به رهبری جمهوری اسلامی، بر رابطه "معنوی" ایران با کشورهایی مثل آذربایجان تأکید داشت، اما نگاه وتوجهش بیشتر به بخشی از مردم آذربایجان بوده ونه دولت باکو".
وى ادامه داد: "خامنه‌ای برخورد با آذربایجان را در چارچوب سیاست ایدئولوژیک جمهوری اسلامی برای حمایت از جنبش‌های شیعی وگروه‌های شبه‌نظامی در منطقه قرار داده است. از این نظر، آذربایجان برای خامنه‌ای، همان بحرین یا یمن ویا همان لبنان است".
گنونى در پايان گفت: "در آن‌چه برای رهبر جمهوری اسلامی اهمیت دارد، احترام به تمامیت ارضی یک کشور یا دفاع حقوق یک ملت مستقل نیست، بلکه پیشبرد نفوذ مذهبی وبه دنبال آن، نفوذ سیاسی خود ودیگر روحانیون شیعه در جمهوری آذربایجان به‌عنوان یک قدرت نرم برای جمهوری اسلامی ایران است".